Investigación
Modelado Molecular, Bioinformática e IA (MMBAI)
En MMBAI usamos modelado molecular, simulaciones in silico, bioinformática estructural e IA para comprender los roles complejos y dinámicos de los ácidos nucleicos y las proteínas dentro de la célula — desde los átomos a los complejos macromoleculares, con énfasis en terapéuticos de oligonucleótidos y resistencia bacteriana.
Responsable
Líneas de investigación
El DansLab estudia los ácidos nucleicos en su contexto dinámico, desde los electrones hasta los cromosomas, integrando simulaciones multiescala, modelos all-atom y coarse-grained, bioinformática y Deep Learning para investigar su estructura, dinámica e interacciones con proteínas, ligandos y solvente. Una segunda línea aborda la genómica y biología molecular de la resistencia antimicrobiana, especialmente en patógenos ESKAPE, combinando genómica, transcriptómica y modelado estructural. Buscamos comprender los mecanismos moleculares de resistencia y traducir este conocimiento en herramientas de vigilancia y en nuevas estrategias terapéuticas basadas en ASO, siRNA, aptámeros y otros oligoterapéuticos.
Espacio conformacional de aptámeros de ADN
Predicción estructural y dinámica de motivos inusuales de ADN — espacio conformacional de aptámeros. Esto incluye dos pipelines integrativos que permiten plegar secuencias de G4 (GeeMELD) o aptámeros con motivos no-G4.
CENUR Litoral Norte (Salto) · Facultad de Ciencias · Institut Pasteur de Montevideo · Facultad de Medicina · University of Florida
ModXNA — Parámetros de ácidos nucleicos modificados para simulaciones de ADN/ARN con AMBER
Base de datos generada a partir de cálculos cuánticos, con miles de parámetros de bases modificadas de ADN/ARN para el campo de fuerzas AMBER. ModXNA permite correr simulaciones atomísticas de moléculas de acidos nucleicos con sus modificaciones químicas (naturales y sintéticas).
University of Utah · University of Maryland · IONIS Pharmaceuticals · CENUR Litoral Norte
Estudio de la estructura y dinámica del ADN: Modelos atomísticos y de grano grueso
Desarrollo de campos de fuerza y modelos para la simulación de ADN, producción de protocolos y estándars. Estudio sistemático de las propiedades físicas/mecánicas del ADN con un enfoque multi-escala, desde los átomos a los cromosomas.
CENUR Litoral Norte · IRB Barcelona · University of Utah · Ascona B-DNA Consortium · University of York · University Paris-Saclay
Bionformática y evolución de la resistencia antimicrobiana
Integración de datos ómicos y fenotípicos para el estudio de la evolución de la resistencia antimicrobiana.
CENUR Litoral Norte · California State University Fullerton (CSUF) · Hospital de Clinicas “Jose de San Martin" (Argentina)
Herramientas basadas en AI de aplicación en salud humana y animal
Desarrollo de herramientas bioinformaticas de aplicación en salud animal y humana basada en algoritmos clásicos y modelos de inteligencia artificial.
CENUR Litoral Norte · Universidad Católica del Uruguay
Proyectos
- ¿Sueñan las IA con fluorinasas? — Enzimas diseñadas por IAFondo Clemente Estable; CAP · desde 2024 · Integrante del equipo
- Espacio conformacional de aptámeros de ADN/ARNProyecto CSIC I+D; l'Oreal; EULAC-ANII; CAP · desde 2023 · Co-responsable
- Modelo de grano grueso de ADN para simulaciones de dinámica mocularProyecto I+D; CAP · desde 2023 · Responsable
- Plegamiento in silico de G-cuádruplex de ADN integrando datos experimentales, simulaciones e IACSIC Iniciación; PEDECIBA Química · 2026-2027 · Responsable
- Desarrollo de una plataforma multidimensional para el estudio, predicción y mitigación de la resistencia antimicrobiana en bacilos Gram negativosANII Ida-Holtz · 2026-2031 · Integrante del equipo
Integrantes
Dr. Leandro Grille
Becario postdoctoral (MMBAI, desde 2020) — dirigido por Pablo Dans
MSc. Gabriela da Rosa
Becaria CAP
Doctorado · Doctorado en Química, Facultad de Química / PEDECIBA Química · Orientación: Dr. Pablo Dans
Lic. Gonzalo Lopez
Doctorando en Biotecnología, Facultad de Ciencias (MMBAI, desde 2021) · Investigador asistente, Facultad de Química — co-dirigido por Pablo Dans, la Prof. Sonia Rodriguez y la Prof. Paola Panizza; Beca ANII
Lic. Mage Teliz
Estudiante de Maestría en Bioinformática, PEDECIBA (MMBAI, desde 2024) — co-dirigida por Pablo Dans y la Prof. Paola Panizza; Beca CAP
MSc. Rafael Sauto
Preparador de área biológica (D7, 30 hs/sem)
Doctorado · Doctorado en Ciencias Agrarias, Facultad de Agronomía, Udelar · Orientación: Dr. Omar Borsani, Dra. Sabina Vidal
MSc. Denisse Mavis Sánchez
Doctoranda en Ciencias Aplicadas, Universidad Nacional de Misiones (Argentina) · Investigadora en MMBAI (desde 2026) — dirigida por Germán Traglia
Bach. Paulina Boiani
Tesis de grado · Licenciatura en Biología Humana, CENUR Litoral Norte · Orientación: Dr. Germán Traglia
Lic (candidate). Sofía Almirón
Estudiante de Licenciatura en Biología Humana, CENUR Litoral Norte (MMBAI, desde 2026) — dirigida por Germán Traglia
Dr. Víctor Miguel García Velásquez
Investigador en MMBAI (desde 2024) · Investigador asistente, Facultad de Medicina y Nutrición, UABC Mexicali — dirigido por Pablo Dans
Lic (candidate). Gastón Leal
Ciclo de Biología y Bioquímica (CBB), CENUR Litoral Norte · Pasantía en MMBAI (2026) — dirigido por Pablo Dans
Colaboradores
- Dra. Paola Panizza, Dra Sonia Rodríguez Giordano · Facultad de Química, Universidad de la República (Uruguay)Diseño in silico de Transaminasas para la síntesis de aminas quirales y Fluorinasas para la síntesis de compuestos fluorados
- Dr. Alberto Perez · Department of Chemistry, University of Florida (EEUU)Desarrollo de modelos computacionales para el plegamiento de motivos inusuales de ADN y ARN
- Dra. Agnes Noy · Department of Physics, University of York (Reino Unido)Efectos del superenrollamiento en la estructura y dinámica de minicírculos de ADN
- Dr. Thomas E. Cheatham III · College of Pharmacy, University of UTAH (EEUU)ModXNA: Desarrollo de un campo de fuerza para ácidos nucleicos modificados y no naturales
- Dr. Leandro Bugnon · Universidad Nacional del Litoral / Universidad Austral (Argentina)Desarrollo de métodos de IA para la determinación de la estructura 3D de motivos inusuales de ADN y ARN
- Dr. Marcelo Tolmasky · Departamento de Ciencias Biológicas, California State University Fullerton (EEUU)Resistencia antimicrobiana en bacterias: mecanismos moleculares y nuevas estrategias terapéuticas
- Dr. Santiago Lattar · Departamento de Microbiología, Universidad Federal de Minas Gerais (Brasil)Resistencia antimicrobiana en patógenos ovinos y bovinos: mecanismos moleculares y nuevas estrategias terapéuticas
- Dr. Samuel Miño · INTA Cerro Azul (Argentina)Resistencia antimicrobiana en bacterias: mecanismos moleculares y nuevas estrategias terapéuticas
Enseñanza
Grado
- Biofísica. Licenciatura en Biología Humana, Ciclo Inicial de Biología y Bioquímica, Ciclo Inicial Optativo del Área Científico-Tecnológica (CIO-CyT) y opcional de la carrera de Doctor en Medicina. CENUR Litoral Norte.
- Introducción a las Ciencias Biológicas. Licenciatura en Biología Humana, Licenciatura en Biotecnología, Ciclo Inicial de Biología y Bioquímica, Ciclo Inicial Optativo del Área Científico-Tecnológica (CIO-CyT). CENUR Litoral Norte.
- Introducción a la Microbiología. Licenciatura en Biotecnología, Ciclo Inicial de Biología y Bioquímica, Ciclo Inicial Optativo del Área Científico-Tecnológica (CIO-CyT) y opcional de la carrera de Químico Agrícola y Medioambiental.CENUR Litoral Norte.
- Bioingeniería Molecular y Celular. Licenciatura en Ciencias Biológicas, Licenciatura en Bioquímica. Facultad de Ciencias.
- Genómica. Licenciatura en Biotecnología, Licenciatura en Biología Humana, Ciclo Inicial de Biología y Bioquímica. CENUR Litoral Norte.
- Metodología Científica II. Carrera de Doctor en Medicina. CENUR Litoral Norte.
- Introducción al pensamiento evolutivo aplicado a la medicina. Carrera de Doctor en Medicina. Facultad de Medicina.
- Patogenicidad bacteriana. Licenciatura en Ciencias Biológicas. Facultad de Ciencias.
- Virología aplicada. Licenciatura en Genética, Licenciatura en Bioquímica. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales, Universidad Nacional de Misiones.
Posgrado
- Curso Regional: Escuela de Modelado de Biomoléculas. Universidad de Buenos Aires y Universidad de la República.
- Curso Regional: Filogenia molecular y modelado de proteínas. Universidad de la República y INTA Cerro Azul (Argentina).
Otras
- 1er Curso Regional de Aptámeros — Red Iberoamericana de Aptámeros (REDIBA), Medellín (Colombia, 2024). Dos clases sobre biofísica de ácidos nucleicos y predicción de estructuras.
Extensión
Medios y divulgación
- Programa SobreCiencia de TV Ciudad, entrevistado por Gustavo Villa, para hablar sobre un trabajo liderado por mi grupo sobre modelado teórico-experimental de genes, cromosomas y núcleos enteros. Julio 2022. https://www.youtube.com/watch?v=VB4a6_RqBWo
- Entrevista en radio El Espectador 810 en el programa Humana Curioso, sobre epignética, 14 de octubre de 2023: https://espectador.com/humanocurioso/aprendizajecontinuo/entrevista-a-pablo-dans-investigador-de-la-udelar-en-cenur-litoral-norte-salto
Trabajo con centros educativos
- Invitado por las profesoras Virginia Pellegrino y Sandra Alonso del Instituto de Profesores Artigas (IPA) a dar una charla de divulgación sobre epigenética y nutrición. 21 de octubre de 2024. Título de la charla: “Luz, Cámara, Epigenética y Nutrición”. Salón de seminarios, IPA, Montevideo.
- Invitado por el artista visual y docente Nito Cilintano al Laboratorio de Creatividad de la Universidad Católica del Uruguay. 6 de noviembre de 2025, vía Zoom. Título de la charla: “Bioinformática, simulaciones, creatividad y arte”.
- Invitado por la docente Guidahí Calleros al ciclo de charlas de especialistas del Instituto de Formación Docente de Salto, para dar una charla de divulgación sobre el origen de la vida. 2025-2026.
Comunidad y territorio
- Invitado por el Ministerio de Educación y Cultura, en calidad de ganador del Fondo Regional para la Cultura, a exponer sobre la experiencia del proyecto “ARN for Export” en el evento Diálogos transdisciplinarios: ciencia y creación artística. Museo Nacional de Historia Natural, Montevideo, 11 de noviembre de 2025.
Ferias, congresos y jornadas
- ABC 2023 — Workshop internacional del Ascona B-DNA Consortium sobre propiedades físicas del ADN dependientes de secuencia, métodos multiescala, campos de fuerzas e interacciones proteína–ADN (más información en danslab.xyz/outreach/abc-2023)
Arte y ciencia
- Sonificación molecular: Traducción de la dinámica molecular del ADN en música, en colaboración con el compositor Nicolás Molla. https://danslab.xyz/es/outreach/sonification/
- ARN for Export: Muestra de arte y ciencia interdisciplinaria sobre ARN extracelular, en colaboración con escultores, artistas audiovisuales y biólogos. https://danslab.xyz/es/outreach/arn-for-export/
Publicaciones recientes
- Battistini F, Wieczór M, Hospital A, Pasi M, Arcón JP, Serrano-Chacón I, et al. hexABC seeking the physical code of DNA. Nature Communications. 2026;17(1). doi:10.1038/s41467-026-74390-5
- Love O, Galindo-Murillo R, Roe DR, Dans PD, Cheatham III TE, Bergonzo C. modXNA: a modular approach to parametrization of modified nucleic acids for use with amber force fields. Journal of Chemical Theory and Computation. 2024;20(21):9354-63. doi:10.1021/acs.jctc.4c01164
- da Rosa G, de Castro M, García Velásquez VM, Pintos S, Benedetto J, Grille L, et al. Aptamers meet structural bioinformatics, computational chemistry, and artificial intelligence. WIREs Computational Molecular Science. 2025;15(5). [Corresponding author] doi:10.1002/wcms.70050
- da Rosa G, Grille L, Dans PD. Ramachandran-like conformational space for DNA. Journal of Chemical Information and Modeling. 2024;64(21):8339-48. [Corresponding author] doi:10.1021/acs.jcim.4c01294
- Maddocks JH, Dans PD, Cheatham TH III, Harris S, Laughton C, Orozco M, et al. Special issue: multiscale simulations of DNA from electrons to nucleosomes. Biophysical Reviews. 2024;16(3):259-62. doi:10.1007/s12551-024-01204-7
- Grille L, Gallego D, Darré L, Rosa GD, Battistini F, Orozco M, et al. The pseudo-torsional space of RNA. 2022. doi:10.1101/2022.06.24.497007
- Traglia GM, Moheb S, Akhar U, Quiroga C, Tuttobene MR, Hamza M, et al. Impact of cefiderocol on Klebsiella pneumoniae: a population-based longitudinal analysis of phenotypic and genotypic responses at subinhibitory and inhibitory concentrations. International Journal of Antimicrobial Agents. 2026;67(8):107844. doi:10.1016/j.ijantimicag.2026.107844
- Traglia GM, Pasteran F, Moheb S, Akhtar U, Gonzalez S, Maldonado C, et al. Insights into Acinetobacter baumannii AMA205’s unprecedented antibiotic resistance. International Journal of Molecular Sciences. 2024;25(21):11424. doi:10.3390/ijms252111424
- Kalbfleisch TS, McKay SD, Murdoch BM, Adelson DL, Almansa-Villa D, Becker G, et al. The ruminant telomere-to-telomere (RT2T) consortium. Nature Genetics. 2024;56(8):1566-73. doi:10.1038/s41588-024-01835-2
- Traglia GM, Pasteran F, Escalante J, Nishimura B, Tuttobene MR, Subils T, et al. Genomic comparative analysis of two multi-drug resistance (MDR) Acinetobacter baumannii clinical strains assigned to international clonal lineage II recovered pre- and post-COVID-19 pandemic. Biology. 2023;12(3):358. doi:10.3390/biology12030358